Vestur-Sahara var spænsk nýlenda fram á miðjan áttunda áratuginn og hét þá Spænska-Sahara. Þegar Spánn dró sig út árið 1075 gerðu bæði Marókkó og Mauritanía tilkall til landsins og Marokkó réðst inn í landið og hertók höfuðborgina. Á sama tíma lýsti frelsishreyfingin Polisario Vestur-Sahara sem sjálfstætt ríki. Máritanía féll frá kröfunni um tilkall til landsins, en Marokkó var áfram til staðar í landinu. Jafnvel þó að bæði SÞ og dómstóllinn í Haag færu fram á að halda ætti þjóðaratkvæðagreiðslu um málið, var það hunsað af marókóskum yfirvöldum. Þau settu þess í stað í gang svokallaða „Græna göngu“ þar sem 350.000 almennir Marokkóbúar settust að í Vestur-Sahara. Þessi aðgerð var af alþjóðasamfélaginu álitin hafa magnandi áhrif á ástandið.
Polisario var fyrst um sinn með fastar bækistöðvar í suðurhluta landsins, en skipti yfir í skæruliðahernað, þar sem það reyndist árangursríkara í baráttunni gegn marókkóska hernum. Á meðan Polisario var stutt af vinstrisinnuðum löndum eins og Alsír, Líbíu, Norður-Kóreu, Kúbu og Júgóslavíu, naut Marokkó stuðnings Bandaríkjanna. Enn eina ferðina blönduðust afrísk átök í Kalda stríðið, dæmi var um það áður ( sjá til dæmis Angóla og Austur-Kongó).
Eftir nokkra misheppnaða árekstra við skæruliðana, valdi Marokkó að einbeita sér að mikilvægasta hluta Vestur-Sahara, svæði sem er um það bil 1/12 af heildarstærð landsins, en þar eru bæði mikilvægustu borgir landsins, verðmætar fosfórnámur og fiskimið. Þetta eru náttúruauðlindir sem Marokkó vill halda en þær fjármagna einnig hersetuna. Marokkóbúar byggðu varnarvegg úr sandi í kringum svæðið, settu upp gaddavír og dreifðu jarðsprengjum. Í gegnum árin hefur varnarveggurinn og gaddavírinn oft verið flutt til og svæðið stækkað. Þetta leiddi til mikilla mótmæla og árása frá íbúum og Polisario. Í dag er landið nánast klofið í tvennt af 2.200 km löngum múr.
Vopnahlé
Undir lok níunda áratugs 20. aldar hófust, með hjálp sérlegs sendifulltrúa SÞ, samningaviðræður milli aðilianna. Árið 1991 náðist samningur um vopnahlé og var ákveðið að halda þjóðaratkvæðagreiðslu árið 1992 um sjálfstæði Vestur-Sahara. Friðargæslusveit SÞ, MINURSO, gætir þess að vopnahléið sé virt en ekki hefur fengist samþykki um þjóðaratkvæðargreiðsluna. Átaka milli Polisario og Marokkóhers hefur ekki orðið vart síðan 1991.
Frumbyggjar Vestur-Sahara, saharawienar, hafa ekki mikið vægi í átökunum á milli Polisario og Marokkó. 160.000 manns búa enn í flóttamannabúðum í Alsír á svæði sem er næstum óbyggilegt. Flóttamennirnir eru háðir utanaðkomandi aðstoð til að lifa af. Síðustu árin hefur staðan versnað vegna niðurskurðar í aðstoð og örvinglun er meðal flóttamanna og Saharawiíbúanna á herteknu svæðunum. Múrinn og jarðsprengjur gera fólki í suðurhlutanum mjög erfitt fyrir að ferðast til og frá Vestur-Sahara.
Nýjar tilraunir til samningaviðræðna og ný mótmæli
Árið 2006 stakk Marokkó upp á því að gefa svæðinu að hluta til sjálfstæði í stað þess að boða til þjóðaratkvæðargreiðslu en Polisario útilokaði þann möguleika. Polisario fer enn fram á þjóðaratkvæðargreiðslu um sjálfstæði. SÞ stjórnaði nýjum samningaumræðum milli aðilanna sumarið 2007 en umræðunni var hætt án nokkurra endanlegra niðurstaðna. Ný samtöl áttu sér stað á næstu árum en einnig án árangurs. Haustið 2010 jókst spennan milli ríkisstjórnanna og íbúa Vestur-Sahara. 12.000 saharawi-flóttamenn settu upp bráðabirgðabúðir í Gdeim Izik, sem mótmæli gegn lélegri meðferð á flóttamönnum og slæmri aðstöðu í flóttamannabúðunum.
Marrokkóski herinn svaraði með því að nota þyrlur og vatnssprengjur til að þvinga mótmælendurna í burtu frá svæðinu og búðirnar voru fjarlægðar mánuði seinna. Þá hafði átt sér stað röð ofbeldisfullra átaka milli mótmælenda og hersins, með mannfalli og særðum á báða bóga. Í lok 2010 voru einnig mikil mótmæli í Laayoun. Mótmælendur köstuðu steinum að lögreglunni, kveiktu í bílum og byggingum, m.a. sjónvarpsstöð. Marokkósk yfirvöld saka Alsír um að styðja Gdeim Izik-búðirnar fjárhagslega, um að skapa ójafnvægi á svæðinu, og spánskir fjölmiðlar eru sakaðir um að styðja saharawiana og gefa rangar upplýsingar um stöðuna í Vestur-Sahara. Þetta hafði þær afleiðingar að erlendir blaðamenn fengu skert ferðafrelsi um svæðið eða voru reknir af svæðinu.
Milli febrúar og maí 2011 brutust út ný mótmæli sem viðbrögð við atburðunum í Gdeim Izik og mótmælendurnir dreifðust til fleiri staða í landinu áður en mótmælin fjöruðu út. Mótmælin höfðu mögulega einnig fengið innblástur frá Arabíska vorinu sem hafði byrjað í fleiri norður-afrískum löndum.
Óstöðugleiki, fjöldi hryðjuverka á svæðinu og alþjóðakreppan hefur gert ástandið í flóttamannabúðunum erfiðara með árunum. Aðstoðarfólki er ráðlagt að ferðast ekki um svæðið og minna er um styrki til svæðisins. Flóttamannabúðirnar eru háðar aðstoðinni. Samtöl leidd af SÞ hafa enn sem komið er ekki leitt til neinnar varanlegrar lausnar í Vestur-Sahöru.